如何利用cytoscape画ceRNA互作网络图？

说起互作网络图，大家都不陌生。看文献的时候，经常看见相互作用网络图展示了circRNA-miRNA的靶向关系或者ceRNA竞争性网络关系。我们先来看几个图：

cytoscape安装教程 cytoscape安装插件

CircRNA-miRNA network maps the interaction relationship between circRNAs and miRNAs [1]

miRNA-ceRNA network. Upregulated circRNAs/miRNAs ceRNA network. [2]

网络图把他们之间的联系进行可视化的展现，为文章增加了几分高大上。这些漂亮而又明了的网络图都是由cytoscape这个神奇的软件绘制而成。大家不要以为网络图看着这么复杂，软件使用也会很复杂，下面就给大家简单介绍一下，如何使用cytoscape把分析数据变成网络图。

步骤如下：

第一，安装****cytoscape****软件。 软件安装比较简单，这里就不展开赘述了。

第二，把要画图的数据进行整理。 假设，我在吉赛生物做了circRNA测序，筛选到了一些表达差异的circRNA分子，想要把要研究的circRNA及其靶向miRNA，挑选出来做网络图。

我们会拿到2个表格，circRNA-miRNA线属性（netedges）和点(nodes)属性的表：

netedges表格示例图

nodes表格示例图

第三，先把靶向关系****netedges****表格导入****cytoscape****：

再把设为miRNA源（sourse）节点，circRNA设为靶(target)节点：

然后点击OK，导入数据，生成初步的网络图：

接下来，大家就可以对它进行美化了。一般是通过设置点的不同颜色和形状、大小等来标注circRNA的表达情况，和与哪些miRNA结合。

第四，先把****nodes****表格作为****Table****导入，把各个点的属性导入：

然后，在Style选项卡设置想要的风格，如把表达上调的circRNA标为红色，表达下调的标为绿色，miRNA是预测的，用蓝色标识；则在Fill Color按照attribute进行调整。或者是可以点选某个点进行调整。

经过一番上色、整形，网络图就变成了这样：

这样的图看起来也还可以，但是如果想要把图形风格进行调整，弄得跟开篇的图一样的，可以通过Layout选项卡进行改变。

最后得到一个漂亮的circRNA-miRNA网络图：

上面就给大家简单介绍了Cytoscape的部分基础功能，主要通过Edges连接Nodes构成Network，通过导入Table对Network中的Nodes进行注释，从而得到我们想要的效果。当然miRNA-mRNA网络图，蛋白-蛋白相互作用网络图（PPI），也可以通过该软件进行可视化处理。如果想研究比较热门的circRNA-miRNA-mRNA 竞争性网络的，也可以把预测到的靶向关系画成网络图。再根据ceRNA竞争性网络的原理，miRNA与靶向ceRNA间表达量负相关，以及ceRNA对之间表达量的正相关的关系；结合实验测到的结果，删去不符合ceRNA竞争性网络的原理的关系，完善circRNA-miRNA-mRNA网络。

另外，Cytoscape软件还有一些小插件，可以构建更庞大更明确的网络图，这个软件远远不止本文中介绍的功能。学海无涯，生信无边，期待与您一起探索。

参考文献:

[1] Xingjie Bao , Shuying Zheng , Shuqi Mao , Tianlun Gu , Shike Liu , Jihan Sun , Lina Zhang.A potential risk factor of essential hypertension in case-control study_ Circular RNA hsa_circ_0037911. Biochemical and Biophysical Research Communications, March 2018; DOI：10.1016/j.bbrc.2018.03.059.

[2] CHUN FENG, YUXIAO LI, YAN LIN, XIANBAO CAO, DONGDONG LI, HONGLEI ZHANG and XIAOGUANG HE. CircRNA-associated ceRNA network reveals ErbB and Hippo signaling pathways in hypopharyngeal cancer. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOlecular medicine 43: 127-142, 2019; DOI: 10.3892/ijmm.2018.3942.

求助Cytoscape软件中的ClueGO插件使用方法

1 如果肯下功夫，可以通过R语言获得基因本体论以及通路富集数据并将其可视化，所用的R包可以是GOSim（GO分析），或者clusterprofiler(GOKEGG)

2 cytoscape 的插件cluego可以傻瓜式实现通路的图片展示，可以用来直接发文章（低分的至少可以）

3 关于GO和KEGG数据的获得，上DAVID就好

我的最新版的cytoscape无法安装插件怎么解决

在Plugin Manager中点击[Change Download Site]

* 点击[Edit Sites]

* 选择列表中的 “Cytoscape” ，列表中应该只有这一个网站

* 点击Edit

* 把原来的地址: ，改成：

（就是在cytoscape前面加上www.就行了）

这样Cytoscape就不会报错了

cytoscape图怎么保存能够再次进行修改

如下。

cytoscape是由许多研究单位共同合作开发的一个开放源码的生物信息分析软件。研究单位包括加州大学圣地亚哥分校的TreyIdeker实验室，加州大学旧金山分校的BruceConklin实验室，Pasteur研究院的Benno Schwikowski实验室，Memorial_Sloan-Kettering癌症研究中心的Chris Sander实验室，Institute forSystems Biology的Leroy Hood实验室。

首先这个软件是基于JAVA的一款多功能软件，在安装好相应版本的JAVA之后，安装的cytoscape才可以正常运行。

一、输入文件

支持多种输入格式，可以保存工程文件，支持多种布局的方式，支持导出图像，样式可以做丰富的调整，智能的选择过滤。

1、 edge文件格式：

tsv(制表符分隔的txt是一样的)，csv(逗号分隔的)，xls，xlsx文件等,一般两种tsv文件就足够我们使用了。下面就是一个典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原节点，第三列是目标节点，第二列是两者的相互作用关系，这里的作用关系标示了不同类型，在后面的网络设置中大家可以看到它的妙处，而这里的source与target都是数字，怎样转换为我们想看到的基因名字呢，这里也是先留一个问题，后面解释。

学习生物信息学有哪些比较好的网站或论坛？

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如何从原始数据构建cytoscape基因共表达网络

Cytoscape可以本地安装，也可以web start。软件得用java，所以要装JRE。我在Ubuntu下装了OpenJDK，可以运行。因为以前一直没把jnlp文件和java关联起来，所 以从没成功web start过，试了一下“课文”里给出的链接，似乎不太靠谱，总之是没法启动。

启动Cytoscape后，得下载两个样例文件。以sif为后缀名的是蛋白相互作用网络信息，里面的蛋白以数字形式区别，以na为后缀名的是各数字id的注释，似乎两者的文件名必须相同才能关联起来。

怎么更新cytoscape

软件一般都可以自动检查更新，如无法更新可到官网下载最新版本

最新版Cytoscape安装注意事项

在cytoscape官网上下载安装软件,下载完成后，双击安装，由于cytoscape是基于java运行环境的，所以必须先安装java。

需要注意的是：cytoscape要求的java版本必须与之配套，否则在安装过程中出现错误提示。提示无法在系统中找到java虚拟机，需要在系统变量中定EXE4J_JAVA_HOME，指向安装64bit的JDK或者JRE。我在安装cytoscape的时候也遇到这样的问题：我已经安装了java，也在系统变量中定义了变量，设置了路径，但是安装cytoscape总是提示在系统中找不到JVM。